Šakota è stato il capo allenatore di diversi club europei, per la maggior parte greci, tra cui spiccano Aris Salonicco, Īraklīs, Peristeri, Apollon Patrasso, PAOK, AEK Atene, Crvena zvezda, KK Zadar e KK Cibona.
Ad inizio gennaio 2008 viene chiamato per sostituire Andrea Mazzon, esonerato per la brutta partenza di campionato, sulla panchina della Fortitudo Bologna. In quel momento, la Fortitudo aveva un record di 7-10 in campionato e di 3-4 in ULEB Cup. A metà dicembre 2008, Šakota viene però licenziato ed al suo posto arriva Cesare Pancotto.